Maicon chơi ở giải trẻ quốc tế vào năm 2001 cùng đồng đội Adriano. Maicon lần đầu tiên được gọi vào đội tuyển bóng đá quốc gia Brazil ở giải Cúp Vàng CONCACAF vào năm 2003 khi là thành viên của đội U23 Brazil. Vào ngày 13 tháng 7 năm 2003, anh có trận ra mắt cho đội tuyển quốc gia trong trận gặp đội tuyển bóng đá quốc gia Mexico. Trong lần ra sân thứ 2, anh ghi bàn đầu tiên vào lưới đội tuyển bóng đá quốc gia Honduras. Vào tháng 1 năm 2004, anh chơi ở giải CONMEBOL tiền Olympic cùng các đồng đội ở Cruzeiro Heurelho Gomes, Edu Dracena, Wendel và người đồng đội tương lai Maxwell.

Anh cũng tham gia vào đội hình đội tuyển quốc gia ở Copa America 2004 và Confederations Cup 2005, những giải đấu mà Brazil đều vô địch. Tuy nhiên, anh không được triệu tập ở World Cup 2006, giải đấu mà Cicinho và Cafu được triệu tập ho vị trí hậu vệ phải. Sau khi Cafu giải nghệ và Dunga lên chức HLV trưởng, Maicon trở thành sự lựa chọn số 1 cho vị trí hậu vệ phải của Brazil. Anh cũng được triệu tập cho Copa America 2007, giải đấu mà Brazil vô địch. Maicon ghi bàn thứ 3 trong chiến thắng 3-0 của Brazil trước Mỹ ở vòng bảng FIFA Confederations Cup 2009 sau một pha chồng cánh rất hay ở bên phải, và anh cũng là người kiến tạo cho Felipe Melo ghi bàn từ một quả đá phạt.